院系

学生会

学生会是学校党委领导下、团委指导下的主要学生组织，以全心全意为同学服务为宗旨，发挥服务学生的功能，是学校联系广大学生的桥梁和纽带。

科协

哈工程校科协成立于2000年，是校团委直属的校级学生组织，协会每年负责承办多项校内大型科创赛事，拥有“科创在线”官方网站，同时负责学生科技作品展厅的管理，为全校同学提供获取科创信息的平台。

团委

共青团哈尔滨工程大学委员会是在学校党委和团省委领导下的先进青年的群众组织。校团委机关下设办公室、组织部、宣传部、社会实践部、学生科技创新中心、学生创业服务中心、学生社团管理中心7部门，下辖18个院（系）团委和教工团工委，指导校学生会、校研究生会、校学生社团联合会、校学生科技协会、校大学生创业联盟、校青年志愿者协会、校启航大学生传媒中心、《青春校园》杂志社、“阳光论坛”策划中心、校青年调研中心10个直属校级学生组织。